教会历526年——。世界上有魔女存在，“魔术”也得到普及。然而，世界还并未知晓“魔法”的存在。在这样的时代里，还有着被人们蔑称为“堕兽人”的半人半兽的佣兵。他就这样每日被魔女觊觎着，还梦想着能成为人类，直到某天在森林中遇到的美丽魔女改变了他的命运。“——想变回人类吗？那么佣兵，成为吾辈的护卫吧！”自称为零的魔女说自己的【零之书】——一本一旦使用不当甚至可能毁灭世界的魔法书不知被谁盗走，现正在寻找这本书的旅途中。佣兵以零使用力量帮助他成为人类为条件，接受了成为自己最讨厌的魔女的护卫的要求。围绕着禁断的魔法书，人们的思绪开始纷乱交错……。高贵的魔女与温柔的兽人所带来的极上幻想剧。

主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。

故事叙述父子三鼠住在河边过着平静的生活，原以为能在河畔眺望河光度过一生，死后化成雨、汇成小流，与喜爱的河川永远融合一体。不料，东京都建设局打算兴建工程将河川铺成暗渠，它们只能离开家园，展开漫长惊险的旅程。